かつて、奇獣と呼ばれる謎の生物が太陽系に侵入し、人類は行き場を失い、惑星ほどもある巨大な宇宙船・シドニアで広大な宇宙をさまよっていた。こうして千年の長い時が経ち、シドニアの住人たちは百年以上も異形の存在に遭遇することはなかったが、警戒を緩めることなく、何世代にもわたって人型兵器「ガーディアンズ」のパイロットを育成してきた。ある日、地下に住む青年・谷風長道（CV：逢坂良太）は、空腹のため地上に這い上がり、米を盗んだところを捕らえられ、その後、船長（CV：大原さやか）の指示により、地下に住むことになる。第628期ガーディアン訓練生。ここで彼は、心優しい少女シン・バイシアン（吹き替え：洲崎綾）、フレンドリーな第三の性別のコトセ・イザナ（吹き替え：豊崎愛生）、そして傲慢で頑固なキガミ・シーフオ（吹き替え：洲崎綾）に出会いました。櫻井）ほか。それから間もなく、ティーンエイジャーたちは回収任務に出かけ、100年ぶりに見た奇妙な男にさえ遭遇した。長く沈黙していた宇宙戦争が再び始まった… この映画は、Erping Mian による原作コミックを原作としています。