物語の舞台は、世界中の警察の監視カメラを繋ぐ海洋施設「パシフィックブイ」が建設された東京・八丈島の沖合。施設の正式な立ち上げ前に、ユーロポールの管轄区域とネットワークを築くために、世界中から IT エンジニアがこの施設に集まりました。同時に、顔認証システムを使った“新技術”の実験も進められていた…。一方、コナンと若手探偵団は園子のおもてなしのもと、八丈島へクジラ観察に出かけていた。その頃、コナンは八尾沖（赤井秀一）から電話を受け、ユーロポールのメンバーがドイツでジンによって殺害されたことを知らされた。真相を究明するため、コナンは警備のため「太平洋ブイ」へ向かう黒田兵衛ら警視庁職員の警備艇に密かに潜入し、施設内へ侵入した。その後、着々とシステム立ち上げの準備が進められていた施設内で、女性エンジニアが黒の組織に誘拐され、彼女が手にしていた情報が入ったUSBメモリも黒の組織の手に渡るという事件が発生した。手に持っています。海中では不気味なプロペラの音が響いていた。その頃、八丈島にいた灰原哀の元に、静かに迫る黒い影があった…。