東京の西に位置する巨大な「学園都市」。総人口230万人、その約8割を学生が占めるこの都市では、学生の能力を「無能力レベル0」から「超能力レベル5」までの6段階で評価する特別な能力開発コースが実施されている。そんな学園都市に超能力者の頂点に君臨する最強の超能力者アクセラレータが君臨する。たった七つしかない「超能力」の中でも第一位に位置し、他を遥かに上回る能力を持つ彼は、その力のせいで殺し合いに満ちた日常を送っていた。絶対的な力を求めて繰り返される逸脱した「実験」、そして最後の敗北の味。その後、一人の少女との出会いによって彼の運命は大きく変わる──最後の一人。最強にして凶暴な「悪」アクセラレーターが、学園都市の「闇」を滅ぼす!!