2 つの世界に離れていたエリック兄弟は、それぞれの方法で兄弟を再会させようとしました。エドワード兄は「扉」をくぐり、現実世界へ。西暦 1923 年のドイツのミュンヘンでは、世界大戦が始まろうとしていました。この世界で錬金術が使えないエドワードは、ロケットを使って元の世界に戻ることを目指し、弟にそっくりな青年エルヴァンスとともにロケット技術を研究する。一方の錬金術世界では、弟のアルフォンスが昔のエドワードに扮して錬金術を実践し、国家錬金術師たちと協力して兄を探す方法を探していた。そして、ミュンヘンの謎の組織が密かに理想郷「シャンバラ」を見つける儀式を開始し、錬金術の世界と現実世界を繋ぐ「扉」が開かれた。 2 人の兄弟の運命は 2 つの世界の危機と絡み合い、エリック兄弟は前例のない困難に直面しなければなりません。