ジャック兄弟（コール・ハウザー）とタイラー（エディ・シブリアン）は探検が大好きな洞窟の専門家で、生物学の専門家ニコラ（マルセル・イウレス）とジャニス博士（レナ・ヘディ）の指導のもと、彼らは経験豊富なチームを連れて洞窟にやって来ました。ルーマニアのカルパティア山脈で、ここで偶然発見された巨大な洞窟と古代の教会を調査する準備をしていました。探検隊員のブリッグス (リック・ラヴァネロ演じる) は調査のため最初に海に入ったが、通信直後にチームメイトと連絡が取れなくなった。安全上の理由から、ジャックとテイラーは一緒に捜索に出ることにしました。途中、彼らはこれまで見たことのないあらゆる種類の奇妙な生き物を目撃しましたが、この閉鎖された洞窟には完全に独立した古代の生物学的システムが存在することが判明しました。しかし、これらの発見は彼らに多くの驚きをもたらしませんでした。この探検家たちは洞窟に閉じ込められ、未知の生物の脅威が徐々に彼らに迫ってきました。