第二次世界大戦の冷戦中、キューバ危機により米国とソ連の二大国間の緊張が高まり、1968年5月に起こった事件が間違いなく危機を爆発的な段階に押し上げた。長い航海を終えて退役を目前に控えていた海軍大佐ディミ（エド・ハリス）は、上官から直ちに最後の巡航に出発するよう命じられ、彼が運転しなければならなかったのは弾道ミサイルであった。退役後、中国に売却された潜水艦B-67。航海中、KGBのブルーニ（デヴィッド・ドゥカヴニー）も同行し、潜水艦の最新装備をテストした。ディミは当初、これは退役前の単なる記念旅行だと思っていたが、ブルーニと彼の謎に満ちた「ファントム計画」が潜水艦士官や兵士、さらには全世界の運命を一本の糸に結びつけているとは知らなかった。何か奇妙なものを発見したときには、もう手遅れだったようです...