「怪物大国」日本では、人々の日常が怪物たちによって無残に破壊されていた。主人公の日比野カフカは、幼い頃に住んでいた街が破壊されたことをきっかけに、幼なじみの恋人ミナ・アバイと「怪物をすべて滅ぼす」という約束を交わした。しかし、32歳のカフカは夢破れ、怪物の死体を解体する会社「怪物清掃会社」で働くことになった。ミナが自衛隊員としてますます活発な生活を送るのとは対照的に、カフカは憂鬱な毎日を送っていた。出勤してきた市川レノから、ディフェンスチームの年齢制限が引き上げられることを告げられ、チーム入団試験を受けるよう勧められた。そこで再び決意を固めたカフカだったが、突如謎の生物に襲われ、彼の体は「怪獣8号」と呼ばれる怪物へと変貌し始める。