2029年3月某日、某国の大使館が大型義体化した武装勢力に侵入され、多くの外国公使とその家族が人質に取られ、緊迫した事態が発生した。草薙素子（CV：坂本真綾）はバート（CV：松田健一郎）、トグサ（CV：新垣樽助）ら有能な部下を招集し、綿密な救出計画を立てる。思いがけず、すべてが計画通りに進んでいたとき、突然事故が発生しました。同時に、大使館からほど近い高層ビルで、元子の元上司で陸軍501機関の局長クルズ（浅野真弓）も鍵付き爆弾により首相が暗殺された。爆発の中で。スージーたちは慎重な調査の結果、記憶を改ざんできるウイルスがインターネット上で蔓延しており、実は彼女の人生経験が一連の出来事に密接に関係していることを発見した。危機が迫るなか、その陰謀が静かに甦る…。 本作は士郎正宗の同名原作を映画化したもので、『攻殻機動隊』生誕25周年記念作品である。