物語は、世界中で蔓延した「猿インフルエンザ」ウイルスを背景に、人類はほぼ滅亡し、高度な知的生命体に進化した猿が食物連鎖の頂点に立つ王となった。時代は変わり、荒々しい猿のリーダー、セザール（ケビン・デュランド）が廃墟の中に猿史上初の帝国を築き、新たな世界秩序の誕生である「猿の惑星」が誕生した。夜明け。謎の人間の少女ノヴァ（フレイヤ・アーラン）の出現はシーザーの警戒を呼び起こした。彼女は人類の存続に関わるだけでなく、再び「猿の惑星」全体を転覆させかねない重大な秘密を抱えているようだ。シーザーの軍隊から逃れながら逃亡を余儀なくされたノヴァの運命は、若い猿ノア（オーウェン・ティーグ）と交錯し、冒険の旅が始まる。