昨シーズンは、その勇敢で有能なスタイルと卓越した医療技術で、「ドクター」の愛称で知られる外科医が活躍した。北海道の競馬場で危険を冒して馬の骨折手術をした無名の子供が、内科医の馬源台（三田佳子）に評価され、日本最高峰の名医の殿堂・帝都医科に招かれる。大学付属病院です！つい最近、外科部長の蛭間重盛（西田敏行）は、病院の大資本家である不動産王二宮欽業（テンプル・ティアンノン）の癌のリスクの高い手術を自ら完了させた。今度は二軒目も再発。第二外科部長の海老名（遠藤憲一）とそのチームは、蛭間との新たな手術に向けて鋭意準備を進めていた。馬源率いる内科は治療法に関して外科と深刻な意見の相違と対立を抱えている。正体不明の子供の登場により、両者の対立はさらに激化することは間違いない……。