２０世紀最後の夏。その日、人類はついに地球の唯一の支配者ではないことを知りました。巨大生物「怪獣」と怪獣を滅ぼす究極の存在「ゴジラ」が登場。半世紀にわたる魔物との戦争の後、人類は敗北を繰り返し、ついに地球からの脱出を計画する。 2048年、人類の集団は中央政府が管理する人工知能による選別を経て、恒星間移民宇宙船「アラトラム」に乗り込み、11.9光年離れた「くじら座タウ島」への旅に出た。しかし、人類が20年の歳月をかけてたどり着いた星と地球との環境格差は予想をはるかに超えており、人類の生存には適さない。移民宇宙船に乗った青年、ハルオ。 4歳の時に両親がゴジラに殺されるのを目撃。 20年間、彼は常に地球に戻ってゴジラを倒すことを望んでいた。移民の可能性がなくなり、宇宙船内の生活環境はますます過酷になり、ハルオを中心とした「地球帰還派」が主流となり、危険な長距離を経て地球へ帰還することを決意する。亜空間の旅。しかし、2万年の進化を経て、地球はゴジラを頂点とする生態系を形成し、全く未知の世界となった。人類はついに地球を取り戻すことができるのか？ハルオの運命はどうなるのか？