ドーソンとドーニーという二人の海兵隊員が、キューバのグアンタナモ湾にある米海軍基地で別の兵士サンティアゴを殺害した容疑で起訴された。海軍弁護士のダニエル・キャフィー（トム・クルーズ）と助手のサムがこの事件を引き継ぐために派遣されたが、彼らはサンティアゴが基地からの移送を望んでいることを調査し、ドーソンに報告した。キャフィーさんは示談交渉を行い、懲役2年を求めていた。しかし、2人の兵士は、サンティアゴに対する彼らの行動は上官から発令された「赤い規定」を履行するものであったと主張した。いわゆる赤規制とは、将校の暗黙の了解を得て兵士が非公開で行う一種の規律規制である。キャフィー、サム、そしてもう一人の女性弁護士ギャロウェイ（デミ・ムーア）は弁護団を組んで捜査を行うが、基地司令官ジェサップ大佐（ジャック・ニコルソン）はこの事件の鍵を握るサンティアゴの転属申請を拒否し、彼に「レッドルール」を言い渡した。その後、飛行記録を非公開で改ざんした。キャフィーは真実を知っているが、この場合、ジェサップ大佐に不利な証言をすると問題が起きるだろう。正義をめぐるこの訴訟の結末はどうなるのか？