徳川幕府時代、自由を主張する伊賀忍者カムイ（演：松山）は、絶え間なく続く殺戮に嫌気がさし、逃亡を選んだ結果、かつての仲間たちから延々と追われる身となった。ある日、カムイは松山藩主・水谷軍兵衛（佐藤寛）の追っ手を逃れる途中、藩主の馬の足を切り落とした漁師・半兵衛（小林薫）と出会い、新堂島に戻った。半兵衛の妻・さやか（小雪）も逃亡忍者で、カムイの登場で警戒するようになった。すぐに、半兵衛は近所の人たちから非難され、領主に捕らえられ処刑されました。半兵衛を救うため、カムイとサヤカは力を合わせて処刑場に突入する。この行動は彼らの行方を追う伊賀忍者たちからも注目を集め、運命の戦いは避けられない… この映画は、日本の漫画家白糸三平による同名原作の第二部を映画化したものです。