21世紀初頭、人類はゴジラによって荒廃した地球上の大部分を放置し、選ばれた者だけを恒星間移民船アラトラム号に乗せて移住先となる「約束の場所τ惑星e」へ向かうことを許した。 。しかしこの計画は失敗し、人類は再び地球に戻らなければならなくなりました。長距離亜空間航行による時空の歪みにより、人類が戻った場所は「二万年後の地球」となった。この地球では、主人公のハルオたちがゴジラに襲われると同時に、エグシファーとビル・チャードという二種族の異星人とともに、20年前から計画していた「対ゴジラ作戦」を遂行し、戦いに成功する。ゴジラをノックアウトした。しかし喜びも長くは続かず、地下深くに隠されていた本物のゴジラ「ゴジラアース」が現れた。 2万年にわたって成長を続け、高さ300メートル、質量10万トンを超えるまでに進化した超巨大ゴジラの圧倒的な破壊力の前に、ハルオたちは敗北した。ハルオを救ったのは、人類の残党とされるフツア族のミアナだった。プツア族は、彼らがこの地球上で出会った最初の人型種族でした。彼らは人類の末裔となるのか――？ 「フツアの神もゴジラに敗れ、今は卵だけが残っている。挑戦者も抵抗者も皆炎に飲み込まれ消えていった。」とハルオは答えた。地球にとって最後のチャンスだ。」一方、ビアシャードの司令官ガルグは、フツアが使用していた矢じりが「自制心を持つ金属ナノメタル」でできていることに気づき、喜ぶ。これは21世紀に彼らが「対ゴジラ決戦兵器」として富士山麓で開発したが、起動する前に破壊された「メカゴジラ」と同じ素材で作られている。これは、当時開発された装置が今も残っている証拠である——。