この映画は、モーリス・G・ダンテックのベストセラー小説「バビロン・ベイビーズ」を原作としています。未来の世界では、科学技術の急速な発展に伴い、ハイテクロボットが大量に実用化され、人類に利便性をもたらし、多くの労働力を代替していた。やがてロボットの数は人間と同数になり、世界は機械と人間が共生する集団となった。トゥーロップ (ヴィン・ディーゼル) は退役軍人で、武道のスキルはありませんが、一日中何もすることがなく、さまざまな護衛任務を専門に請け負う傭兵になりました。ある日、彼は新たな任務を引き受けた。それは、シスター・レベッカ（ミシェル・ヨー）とともに、ユーラシア大陸を横断する謎の女性を護衛するというものだった。しかし、相手が世界を滅ぼすほど強力な、ある種の恐ろしいウイルスを持っているとは知りませんでした。同時に、この女性を利用して遺伝子改良された人類を誕生させようとするカルト組織も彼女に目を付けていた…。