新しいシーズンでも、主人公たちは依然として世界中で極秘任務を遂行しており、その一方、妻たちは彼らをサポートし、夫の秘密を守るために後方で静かに待っています。彼らの冒険は続きます。今回、秘密作戦チームが任務を遂行するためにパキスタンに行ったとき、主要メンバーが残留し、フォート・グリフィスと彼の作戦チームを永久に離れることを計画していました。マックとティフィーはアクションチームから離れて不安な気持ちで新生活の計画を立てる一方、マークの元チームメイトたちは荒野で奮闘する。パキスタンでの荷物迎撃任務を無事に完了した後、テロリストが西側諸国に致命的な病気を広めるのを防ぐために、秘密作戦チームを再編成し、再編成する必要がある。同時にティフィーは、家庭内暴力に苦しむ生徒を助けた際にアクションチームを離れることの影響を実感し、本当に辞めるべきか迷った。一方、キムとボブは新しいチームメンバーを迎えています...彼らの任務はまだ続いています。新しい兄弟と新しいパートナーが彼らに適応し、頼る必要があります。シークレットオプスチームの第2シーズンにご期待ください。