物語の舞台は、人々の魂が霊神となって彼らに従う、私たちの地球とよく似た世界で行われます。レイラ（ダコタ・ブルー・リチャーズ）は、幼い頃からヨルダン大学の学長である叔父と一緒に暮らしており、情熱的で勇敢で正義感にあふれています。ある日、コルター夫人（ニコレキッドマン）が北へ向かう予定で、ライラも同行してくれることを望んでいます。好奇心旺盛なライラは喜んで同意しました。彼女が出発する前に、叔父は彼女に金の羅針盤を与え、それを読める人は世界で一人だけであると彼女に言いました。ライラは黄金の羅針盤から、自分が尋ねた質問に対する答えを得ただけでなく、自分自身の人生経験の謎も学びました。途中、コルター夫人の様子がおかしくなり、ライラもコルター夫人の名簿に行方不明の友人ロジャーの名前がはっきりと書かれていることを発見する！ロジャーは他の子供たちと同様に、科学実験の対象となるために極北に誘拐されました。ライラは脱出の機会を見つけ、ロジャーを救うために出発しました...