名門竹橋中学校の最下位クラス3年E組に新学期、奇妙な先生（声：二宮和也）がやってくる。この先生は大きな丸い黄色い頭とぬるぬるした気持ち悪い触手を持っています。彼が少し前に月を三日月に爆発させた犯人であることが判明しました。防衛省特殊部隊の精鋭、烏丸夕臣（椎名喜平）が学生たちに紹介した怪獣はマッハ20の超スピードを持ち、普通の人間兵器は全く通用しない。一年後の地球破壊を企てる怪物を阻止するために、人類は怪物を退治する方法を見つけなければなりません。その怪物は3年E組の校長を志願したため、無力な生徒たちは怪物を暗殺するという重要な任務を引き受けた。以来、生徒たちは烏丸から厳しい訓練を受け、殺人鬼・比企（ちえい）、知能ロボット自律思考固定砲塔（橋本環奈）、転校生・堀部平星（加藤清志郎）と教官らとともに、この暗殺教室には、イーグル高嶋政伸演じる岡あきらら強敵も次々とやって来て、愉快な「殺せんせー」は終わりのない暗殺作戦に挑むことになる…。 -松井優征による人気漫画。