これはあまり知られていないが、攻殻機動隊設立前夜の遠大な物語である。 2027年6月6日のある日、陸軍秘密部隊501組織に所属していたマムロ中佐（声：宮内淳）が繁華街で殺害された。彼は以前、武器取引における贈収賄事件に関与していた。そして彼は当然、無数の謎とともに彼の死の背後に真実を隠しました。雨の夜、マムロの電子頭脳を取り戻そうとする公安9課の係長・荒巻大介（CV：鶴来いちご）と、サイボーグの草薙素子（CV：坂本真綾）がマムロ・ナカサの家で初対面する。墓地。この時、草薙は 501 機関でサイバー犯罪の捜査を担当する一兵士に過ぎなかったが、今回の旅行中、彼女は尊敬される中佐の不正と殺害の背後にある真実を突き止めることを望んでいた。驚いたことに、棺の中の警部補はすでに失踪していた。その後、荒巻からの依頼で捜査を開始し、危険な追跡を続ける中、元特殊部隊員のバート（CV：松田健一郎）、トグサ（CV：新垣樽助）と出会う。当時新浜県の刑事警察官。混乱を極める事件は、草薙たちを未知の世界へと導く… 本作は士郎正宗の原作を映画化したもの。