2010年、小学校教師の市川新一（哀川翔）はシマウマに変身し、侵略してくるエイリアンを倒し、全人類のアイドルとなった。しかしその後、市川は謎の失踪を遂げ、行方不明となっている。あっという間に15年が経ち、日本は大きく変わりました。善と悪が逆転し、悪が跋扈する。東京はゼブラシティと改名され、毎日5分間は「ゼブラタイム」と呼ばれた。その時、重武装したシマウマ警察が総力を挙げて出動し、依然として路上に取り残されていた住民に対して容赦ない虐殺を開始した。ここは悪の相原幸三（ダルカナル・タカ演じる）とその娘のクイーンゼブラ（仲里依紗演じる）が支配しており、彼らの強力な暴力の影で信者は多く、反逆者は少ない。ある日、シマウマ警察の被害者を専門に収容するホワイトホースホームに珍しい患者が来た。彼は15年間失踪していた市川だが、過去に何があったのかは何も知らない。市川の教え子であるジンピン（井上正大）とその仲間たちは、市川がシマウマとしての勇敢な姿を一日も早く取り戻し、人々を苦しみの海から救い出すことを願って、彼を世話するが…。