巨大な異星人の無人探査機が奇妙な無線信号を発信し続けています。強力な信号は海水を沸騰させ、近くの宇宙船に干渉し、広範囲に被害をもたらします。この時、ジェームズ・カーク中将とその乗組員は、スポック大佐を復活させる任務を完了した後、スターズと対戦することをすでに知っていたにもかかわらず、バルカンからクリンゴンから盗んだラプター（「バウンティ」と改名）を運転した。軍法会議: 彼らは USS エンタープライズを盗み、その破壊の責任を負ったとして告発されました。この時点で、まだ回復中のスポックは、宇宙探査機が地球上のザトウクジラとの接触を試みていることを発見しました。残念なことに、ザトウクジラはすでに3世紀前に乱獲により絶滅していました。カークは「バウンティ号」に重力放出状態に入るように命令し、太陽の重力を利用して時空を超えて20世紀後半まで移動した。この宇宙船は 1986 年にカリフォルニア州サンフランシスコに到着し、乗組員はゴールデン ゲート パークの芝生の上に宇宙船を隠しました。その後、彼らは異星探査機と通信できるクジラ、宇宙船にクジラを乗せることができるコンテナ、そしてラプター船のエネルギー供給を回復できる材料を探し始めた。エネルギーは宇宙船が時空を超えて旅する間にほとんど消費されてしまった。 全て。カークとスポックは最終的に、サウサリートのクジラ協会で2頭のザトウクジラの世話をした鯨類の専門家、ジリアン・テイラー博士の助けを求めた。タイラーに彼らが確かに未来から来たと説得するなど、多くの困難を乗り越えた後、エンタープライズ号の乗組員は 2 頭のザトウクジラを救出し、未来に連れて行くことに成功し、地球を救うのに間に合いました。その後、乗組員は連邦議会に連行され、数々の罪に問われた。被告として名前は挙げられていないが、スポックも他の乗組員とともに立った。最後に、彼らの新たに発見された英雄的行為を考慮して、カーク中将に対するものを除いて、残りの被告に対するすべての告訴が取り下げられた。カークは上官としての命令に従わなかったとして有罪となり、罰として象徴的に艦長に降格されたが、その英雄的な行動が認められ、USS エンタープライズ-A の艦長に任命された。エンタープライズ号の乗組員とともに23世紀にやってきたテイラー博士は、宇宙艦隊に入隊して科学士官になることを決意した。プロットの枠組みとして機能するサブプロットでは、スポックが徐々に記憶を取り戻し、以前獲得し受け入れていた人間の伝統、そして自分の感情を認識する様子が示されています。映画の冒頭では、彼は母親が自分の「感情」について尋ねることの意味を理解していませんでしたが、最後には人間にとって「感情」の重要性を十分に認識し、父親に自分の気持ちについて尋ねるように頼みます。母親は「気持ちいい」と言いました。