リチャード博士 (ヨアン・グリフィズ) の科学の夢が実現しようとしています。彼は宇宙の嵐の中心に飛び、人間の遺伝子の暗号を明らかにするでしょう。彼に同行するのは、プロジェクトスポンサーのフォン・ドゥーム（ジュリアン・マクマホン）、宇宙飛行士ベン・グリム（マイケル・チクリス）、医師の元恋人スー・ストーン（ジェシー・ジェシカ・アルバ演じる）と彼女の弟ジョニー・ストーン（クリス・エヴァンス演じる）。なんと宇宙船が嵐の中心に近づいたとき、計算ミスにより宇宙線が宇宙線に飲み込まれてしまいました！難を逃れて地球に帰還した隊員たちは、宇宙線の影響で遺伝子が変異し、さまざまな超能力を身につけた。リチャード、スー、ジョニー、ベンは「ファンタスティック・フォー」を結成し、宇宙線から与えられたスーパーパワーを使って闇の勢力と戦い、世界を助けます。スーパーパワーを手に入れたドゥームは「ドクター・スティール・アイズ・オブ・デストラクション」に変身し、邪悪な計画を実行している。ファンタスティック・フォーの襲撃！