シュナイダーを故郷に送り返した後、もともと兄弟のように仲が良かった4人のティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズは、敵がいなかったため、以前のように一緒に戦うことを望まなくなり、それぞれが好きな分野で勉強するようになった。一緒に行動していたニンジャ・タートルズは孤高の4人の「ローン・レンジャー」になった！この頃、ニューヨーク市では奇妙な出来事が次々と起きていた。実業家マクシミリアン・J・ウェイターズがニューヨーク市を征服するつもりで、悪名高い忍者組織フットクランとともに古代の怪物の軍隊を密かに育成し、さまざまな闇の勢力が街のあちこちで動き回る準備ができていることが判明しました。タートルズは再び戦争の準備ができています!彼らは再び団結し、闇の勢力への攻撃の準備を整えます。