静かな宇宙、惑星「ぎょしゃ座」へ宇宙船「ベティ」が飛んでいました。麻酔で凍りついた数十人の地球人が船上に横たわっており、これから起こる惨事に全く気づいていなかった。悪徳軍人と実業家がこれらの人々を誘拐し、200年前にエイリアンの女王が産んだ卵を孵化させるために「ぎょしゃ座」に送ったことが判明した。リプリー（シガニー・ウィーバー）は、エイリアンの女王によって転生されたエイリアンとなった。彼女はエイリアンの遺伝子を遺伝子に宿し、非常に強くなり、見え隠れし、「二面性のある人間」となった。 「ベティ」にはコール（ウィノナ・ライダー）という若い女性がいて、エイリアンの卵を孵化させる計画を妨害しようとしている。 「ベティ」が「ぎょしゃ座」に来たとき、予想外のことが起こりました！