おそらく過去、あるいは将来、人類は大規模に宇宙を植民地化しました。人口が5000億人にまで拡大したとき、宇宙の隅々に散らばっていた人類は故郷である地球へ帰還したが、帰郷戦争が勃発し多くの死傷者を出した。地球上のこの神聖な場所を守るために、人類はガイア制裁を定め、誰もここに関与させないことに同意しました。しかし、かつて連合艦隊の艦長だったハーロック（声：小栗旬）は、ガイアの制裁を裏切り、アルカディア号を駆って反逆の旗を掲げ、100年間逃亡中の指名手配犯となった。連合艦隊司令官イソラ（声：森川智之）は弟のヤマ（声：三浦春馬）に、ニーベルング家が発明した永久機関の秘密を探るためにアルカディア号に潜入するよう指示する。この期間中、ハロックは乗組員を地球に近づける一方、連合艦隊は太陽系に地引網を設置して彼の進行を阻止した。遠い故郷、そして失われ続けた真実は誰もが衝撃を受けた… 本作は、松本零士の名作SFコミックを映画化したもの。