バットマン（マイケル・キートン）が帰ってきた！ 「ジョーカー」を倒して以来、ゴッサム・シティは束の間の平和を手に入れた。しかし、さらなる強敵が現れた！今回はひねくれていて凶暴な気性を持つ「ペンギン」です。 「ペンギン」は次男であったため、幼い頃に親に捨てられ障害を負い、社会全体に不満を抱いていました。成長した「ペンギン」ペンギンは、ゴッサム・シティに戻り、市内の長男を全員殺し、ゴッサム・シティ全体を支配しようと決意する。邪悪な実業家マックス（クリストファー・ウォーケン）に協力を強いた後、「ペンギン」はゴッサム市長に就任することに成功した。同時に、マックスの秘書セリア（ミシェル・ファイファー）は、彼らから迫害されたときに偶然スーパーパワーを手に入れ、善と悪の両方を備えたキャットウーマンになりました。バットマンは今度は「ペンギン」とキャットウーマンのダブルチャレンジに挑む！