物語の舞台は未来の時空で、猛威を振るう犬インフルエンザにより、市長（声・野村）は犬追放法案を発行し、市内のすべての犬を「ゴミ島」に置き、犬たちの世話をさせられることになった。最初に被害を受けたのは市長の番犬ディアンディアン（リーヴ・シュライバー）だった。このようにして、立派な服を着て、十分な栄養を与えられた家庭で育てられた犬が、ゴミ捨て場で食べ物を探す野良犬になってしまいました。リーダー（ブライアン・クランストンの声）、君主（エドワード・ノートンの声）、ボス（ビル・マーレイの声）、公爵（ジェフ・ゴールドブラムの声）、王（ボブ・バートンの声） ラバン（ボブ・バラバンの声） ）は島にいる5匹の野良犬で、普段は一緒に行動しています。ある日、市長の養子であるアタリ（声：コーユー・ランキン）が、生涯の友人ディアンディアンを探していた飛行機で突然島に降り立った。