工藤新一は全国的に有名な高校生探偵で、黒ずくめの犯罪組織を追跡中、不運にも組員に発見され、魔法の薬を飲まされてしまった。新一はしばしば彼を助けてくれたアリ博士を見つけ、博士は彼のために多くのスパイ武器を仕立てた。犯罪組織の報復を防ぐため、新一は匿名を保ち、秘密裏に犯罪者を追跡し、解毒剤を手に入れることを決意した。ある日、シンイーの恋人マオ・リーランが恋人の行方を捜すためにアリ博士の家に来たが、シャオランにばったり会ったシンイーは、必死の思いで江戸川コナンと名乗り、コナンはシャオランの家に泊まることに。シャオランの父、毛利小五郎は私立探偵で、彼と協力して4つの事件に取り組み、夜の男の行方を追う。小学生の頃に歩美たち小学生と出会ったコナンは、少年探偵団を結成して犯罪者に宣戦布告する！